地处长江下游的南京，有着独具优势的山水自然环境，自古以来就特别适合人类生息繁衍，先民在此开垦生产，创造了丰富灿烂的历史文化，给今人留下了无比宝贵的物质与精神遗产。由于地形地貌沧海桑田般的巨大变迁，古人的生活场景虽难于再现，但通过对地下陵墓的考古发掘，仍然可以直面古人的物质生活与精神世界。
在南京公布的15处地下文物重点保护区中，有近一半属于地下墓葬区，这其中，又以明代功臣墓最让人津津乐道，去南京探访功臣墓，也成为不少文史爱好者不远千里来“打卡”的重要原因。
江宁汤山史前遗址区，保护范围面积约0.8公顷。
1990年3月，汤山采石场在汤山镇雷公山北侧山坡开采时，发现了一个溶洞，即“葫芦洞”。1992年在这里发现了大量的古脊椎动物化石。1993年3月13日，当地农民挖出一具人类头骨化石。1993年12月，南京市博物馆和北京大学考古系组成汤山考古队。发掘地点为葫芦洞南侧中部下面的一小支洞，即发现头骨化石的地点。
遗址内先后发现2件直立人头盖骨化石和1枚直立人牙齿化石，发掘及拣选出哺乳动物化石2000余件。动物化石堆积异常密集，动物群的时代属中更新世，性质与北方的北京人-肿骨鹿动物群相近。人化石的特征与北京猿人也比较接近。结合分析，该地点距今约35万年。
高淳薛城史前遗址区，保护范围面积约4.69公顷，保护范围南到农具厂南围墙，东到水塘，北、西到稻田。
薛城遗址位于南京市高淳区淳溪街道，全国重点文物保护单位，该遗址是1997年11月发现的新石器时代的遗址，是南京面积最大、年代最早的史前古文化遗址，是继汤山南京猿人之后南京考古重大发现，距今5500至6300年。
薛城遗址占地面积约6万平方米，考古出土了115具人骨架，以及玉器、陶器、磨制石器等400余件文物。同时还在遗址上发现了灰坑、窖坑、柱洞等，在坑中还出土了鱼骨、贝壳动物骨骸等人类生活遗存物。经考古专家的论证，遗址被确定为“南京原始人发源地”。2013年5月，被国务院核定公布为第七批全国重点文物保护单位。
清凉山石头城遗址区，时代：三国，保护范围面积约183.13公顷，保护范围：东至西康路、虎踞路一线，南至龙蟠里，西至秦淮河，北至北京西路。
石头城位于南京市鼓楼区，是一处六朝时期的著名遗迹，遗址位于现清凉山一带，有“东吴第一军事要塞”之称。筑于楚威王七年（前333年），东汉建安十六年（211年），吴国孙权迁至秣陵（今南京），在石头山金陵邑原址筑城，取名石头城。
它扼守秦淮河与长江的交汇口，“因山以为城，因江以为池，地形险固，尤有奇势”，是保障首都建康城西部安全的军事重镇，也是兵家必争之地，素有“石城虎踞”之称。石头城被称为石城，广义上它是如今南京的别称，狭义上它是指南京老城城西的石头山石头城。
六朝宫城及御道遗址区，时代：六朝，保护范围面积约608公顷，保护范围：北至北京东路，东至龙蟠中路、秦淮河一线，西至丹凤街、估衣廊、明瓦廊一线，南至白下路。
御道，顾名思义，是皇家专属领地的道路。在六朝古都南京，过去共有两条道路被称为御道，一条大约在今天的中华路位置，是六朝时期的御道；另一条，就是御道街。中华路的御道因为年代久远早已湮没，但不久前曾在位于同一轴线的大行宫一带挖出了当时用青砖垒起的马路，说明了六朝御道的大概情况。明朝的御道，现在仍能看到。
现在御道街的起点午朝门内，有一条宽约6米磨得极其光亮的青石板小道，在上世纪30年代前，这条只有皇帝及其亲信大臣才能走的青石板小道一直绵延到2公里外的光华门。今天的御道街就是在此基础上拓展修建的。
南唐宫城及御道遗址区，时代：南唐，保护范围面积约145.4公顷，北至淮海路，南至升州路、建康路一线，西至明瓦廊、评事街，东至太平南路。
“六朝古都”南京，自古就有“江南佳丽地，金陵帝王州”之称，历朝历代的遗迹，在老城区一层层叠加起来。在我们的脚下，就是孙权的建业、王导的建康、李煜的金陵、朱元璋的应天。因而，无论是城市的建设，还是公共交通的开展，都可能会与古迹不期而遇。
公元1275年，元军统帅伯颜率军由城南雨花台攻入建康府，进驻南宋建康行宫，设置行中书省这一行政管理机构，以便加强对江南的管理。于是，南唐宫城遗址上的建筑又换了天地。但是，历史到了这里，南唐宫城仿佛烟花般消失在空气里难觅踪影，史料极少提及。没了建筑的遗址之上，渐渐地滋生了荒草，遮掩了它本来的容颜。慢慢地，老百姓的民居开始出现在昔日莺歌燕舞之地。因为年代太久远，加上战火不断，这些地面曾经辉煌、风光的建筑都化为了历史的尘土。而地面之上，早已难寻南唐宫城的遗留。
明代宫城及御道遗址区，时代：明代，保护范围面积约502.63公顷。
南京故宫，又称明故宫、南京紫禁城，是明朝首都应天府（南京）的皇宫。建造前后历时二十余年，占地面积超过101.25万平方米，是中世纪世界上最大的宫殿建筑群，被称为“世界第一宫殿”。南京故宫作为中国古代都城宫殿建筑的集大成者，其建筑形制为北京故宫所继承，为明官式建筑的母本，是北京故宫的蓝本。
南京故宫始建于元至正廿六年（1366年），明洪武廿五年（1392年）基本完工，其址选于元集庆城外东北处，迁三山填燕雀湖而建。明故宫为明初三朝皇宫，长达54年之久。直到明永乐十九年（1421年），明成祖朱棣迁都北京，南京设立南直隶，仍由皇族和重臣驻守，地位十分重要。
南京故宫坐北向南，大体范围东至今中山门，西至西安门，北至后宰门，南至瑞金路，有门四座，南为午门，东为东华门，西为西华门，北为玄武门。入午门为奉天门，内为正殿奉天殿，殿前左右为文楼，武楼。后为华盖殿，谨身殿。内廷有乾清宫和坤宁宫，以及东西六宫。 现部分遗址位于今中山东路南北两侧，已列为全国重点文物保护单位。
内秦淮河两岸十朝遗存区，时代：历朝遗存。
保护范围面积约268公顷。北至升州路、建康路，南至内秦淮河南侧150米、双塘路、仙鹤街、水斋庵、外秦淮河北岸、平江府路、箍桶巷一线，西侧至凤台路，东侧至龙蟠中路。历史上，秦淮河两岸都是达官显宦的居住区和城市贫民的商贸区，地下叠加着历朝历代的建筑、官署、市街。
六朝陵墓区——仙林六朝陵墓区 时代：六朝
保护范围面积约6427.89公顷 北至乌龙山路、杨家边路、南龙路一线，东、南至九乡河，西至沪宁铁路以北绕城公路，以南至土城头路。
六朝陵墓区——晋西陵、晋东陵遗址区 时代：东晋 晋西陵保护范围面积约67.91公顷，北至渊声巷，南至汉口路，西至上海路，东至中山路。晋东陵保护范围面积约41.79公顷，西至龙蟠路，南至农场巷，东至明城墙，北至富贵山北麓林区路。
幕府山古墓葬群区 ，时代：六朝
保护范围面积约：1525.24公顷，东至和燕路，南至北固山路，西至金燕路，北至幕燕滨江路。幕府山、郭家山一带六朝古墓众多。幕府山一带发现过东晋名将温峤墓及其衣冠冢，幕府山西南麓象山发现过东晋尚书王彬家族墓；幕府山西侧老虎山南麓发现过东晋左光禄大夫颜含后裔的家族墓地；栖霞区仙鹤观发现过东晋侍中高崧家族墓。
雨花台古墓葬群区，时代：六朝、宋代
保护范围面积约594.73公顷，北至纬八路，东至宁溧公路，西至宁丹路，南至宁南大道。
铁心桥古墓葬群区，时代：六朝
保护范围面积约1108.38公顷，北至纬八路，东至宁丹路，西至宁芜公路，南至宏运大道。
西善桥古墓葬群区 时代：六朝
保护范围面积约315.9公顷。具体可分为三部分，其中西侧片区北至宁芜铁路，南至梅山中心路，西至天保路，东至417公路。东侧片区北至铸造厂路，东、南至管道路，西至大宝圩村民路。
南侧片区北至大周路，南至将军山北麓。此墓葬的规模较大，出土的面部清晰的石俑将近50公分，石棺座亦出土，这些“元素”均可体现墓主身份之高。从墓葬的素面砖可以判断出，墓葬朝代为东晋中期到南朝早期，石门一般是南朝高等职位官员才拥有，而墓葬中的石棺座出现时间是刘宋到南朝晚期，由此间时间交错，将墓主所处朝代定在刘宋时期问题不大，但是对于墓主的官级高低问题还需进一步考究。
板仓街明代开国功臣墓葬区，时代：明代
保护范围面积约588.23公顷。东至经五路，南至由板仓街向紫金山延伸800米一线，西至龙蟠路，北至312国道。
明功臣墓位于江苏省南京市钟山西北麓及城南。其中，明开国功臣徐达墓在太平门外板仓村，现存徐夫妇墓冢和神道碑、石像生，碑文为明太祖所撰。其他开国功臣常遇春墓、李文忠墓冢在太平门外，邓愈墓、李杰墓石刻在中华门外，吴良墓和吴祯墓也是葬于钟山之阴的明初开国功臣墓，两墓都在钟山北麓板仓街南京电影机械厂内， 均存有墓碑及墓前石像生石虎、石马、石翁仲等。
长干里古居民区及越城遗址区，时代：春秋
保护范围面积约102.45公顷。北至秦淮河北岸，南至应天大街，东至晨光路，西至凤台路。
江宁将军山明代沐英家族墓地区，时代：明代
保护范围面积约81.14公顷，位于将军山南麓，东至沐英水库，西至220kv高压线沿线，南至佛城西路，北至韩老洼水库。
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